Относительно монастырского благочиния царь в 1584 году писал в Соловецкий монастырь: "Слух до нас дошел, что у вас сытят квасы медвеные да квасят, и устав прежний монастырский переменен: так вы бы квасов не квасили и прежнего чина монастырского не рушили; и которые старцы станут роптать, тех бы смиряли по монастырскому чину". В 1592 году двое старцев били челом на игумена и келаря Кириллова Новгородского монастыря, что они монастырскую казну раздают взаймы, для своей прибыли, без братского ведома, дружатся с детьми боярскими, берут у них себе гостинцы всякие. Когда один из челобитчиков стал им об этом говорить, то они посадили его в двои железа да в цепь, а потом девять дней били его на правеже, правили деньги, которые он проездил в Москву по монастырским делам. Бить на них челом нельзя, откупаются монастырскою же казной; кроме субботы и воскресенья, службы никогда в монастыре нот и священника нет. В июле 1584 года постановили, чтоб тарханам не быть, с 1 сентября, на время, до государева указа, пока земля поустроится и помощь во всем учинится царским осмотренном. Но уже в октябре того же года царь дал тарханную грамоту митрополиту Дионисию на слободку Святославлю, которую великий князь Василий Дмитриевич дал митрополиту Киприану вместо города Алексина. Тогда же, в июле 1584, было подтверждено, чтоб вотчинникам вотчин своих по душам не давать; но видим, что это постановление пли было скоро отменено, или не исполнялось. В 1587 году знаменитый впоследствии князь Дмитрий Михайлович Пожарский, по приказу отца своего, дал в суздальский Спасо-Евфимиев монастырь вотчинную деревню без доклада государю; не перечисляем царских пожалований землями в монастыри.

По-прежнему давалось монастырям право производить торговлю, право сбирать в своих селах таможенную пошлину; по-прежнему давались грамоты с освобождением монастырских владений от разных податей и повинностей; этих грамот от царствования Феодора дошло до нас очень много, и начинают они раздаваться очень рано.